Die Confessio oder Bekenntnis der Gesellschaft und Bruderschaft des Rosenkreuzes, oder einfach – Confessio Fraternitatis – wurde im Jahr 1615, wie auch zuvor die Fama, anonym veröffentlicht. Es ist das zweite von drei Rosenkreuzer-Manifesten. Die Confessio weist erneut hin auf die Existenz einer geheimen Bruderschaft von Alchemisten und Weisen, die im Verborgenen an einer politischen und intellektuellen Umgestaltung Europas arbeitetet.
Es geht in der Confessio um die sogenannte „Wahre Philosophie“, durch die das erste, 1614 erschienene Manifest der Fama Fraternitatis sozusagen gerechtfertigt wurde. Sie ist eine Bekenntnis der Bruderschaft vom Rosenkreuz zu ihrer wichtigen Aufgabe, trotz dass die Rosenkreuzer bereits konfrontiert wurden mit vielen feindlich gesinnten Anschuldigungen.
Wir müssen demnach hier wohl anmerken und jedermann zu verstehen geben, dass Gott gewiss und eigentlich beschlossen hat, der Welt vor ihrem Untergang, welcher sich bald hernach ereignen wird, noch rechtzeitig eine solche Wahrheit, Licht, Leben und Herrlichkeit widerfahren zu lassen und zu geben, da doch der erste Mensch, nämlich Adam, das Paradies verloren und verscherzt hat und hernach seine Nachkommen mit ihm ins Elend verstoßen und vertrieben wurden. Alle Knechtschaft, Falschheit, Lügen und Finsternis werden also weichen und aufhören müssen, welche sich nach und nach mit den Umwälzungen der Weltkugel in allen Künsten, Werken und Regierungen der Menschen eingeschlichen und dies Leben zum größten Teil verdunkelt haben. Denn dadurch ist eine riesige Menge falscher Meinungen und irriger Glaubenslehren entstanden, welche auch den allerweisesten Menschen die Entscheidung und Wahl schwer gemacht haben, so dass nicht leicht unterschieden werden konnte, weil sie auf der einen Seite durch das Ansehen der Philosophen und gelehrter Leute, auf der anderen Seite aber durch die Wahrheit des Experimentes und der Erfahrung aufgehalten und irre gemacht wurden. All diese Irrtümer aber werden dereinst aufgehoben sein und wir erkennen dann, dass statt dessen eine richtige und gewisse Regel eingeführt wurde. So wird zwar denen, die sich darum bemühten, Dank gebühren, das ganze Werk als solches aber, wird der Glückseligkeit unseres Jahrhunderts zugeschrieben werden müssen.
Was die Fama Fraternitatis als die Reformation der Menschheit ankündigte, ergänzt die Confessio folgendermaßen:
Geradeso, wie wir nun gerne bekennen, dass viele vortreffliche Leute der zukünftigen Reformation mit Schriften nicht geringen Vorschub leisten, so begehren wir doch gar nicht, uns selbst diese Ehre zuzuschreiben, als wenn ein solches Werk uns alleine befohlen und auferlegt worden wäre. Vielmehr bekennen und bezeugen wir öffentlich mit dem Herrn Christus, dass sich eher die Steine erheben werden und ihren Dienst anbieten, als dass es an Ausführenden und Vollstreckern des göttlichen Rats mangeln wird. Zwar hat Gott schon etliche Botschaften vorhergesandt, die seinen Willen bezeugten, wie zum Beispiel etliche neue Sterne, die am Himmel in den Sternbildern der Schlange und des Schwans entstanden sind. Sie geben als hohe und wichtige Sache und durch kräftige Zeichen zu erkennen, wie allen Dingen, die von Menschen erfunden werden, die heimlich-verborgenen Schriften und Strukturen dienlich sind. Sie bezeugen, dass, obwohl das große Buch der Natur allen Menschen offen steht, dennoch nur sehr wenige vorhanden sind, die dasselbe lesen und verstehen können. Denn, gleich wie den Menschen zum Gehör zwei Organe, desgleichen auch zum Sehen zwei und zum Riechen zwei, aber nur eins zum Reden gegeben worden ist, und man die Sprache von den Ohren, die Unterscheidung aber der Stimmen und der Töne vergeblich von den Augen erwartet, so auch sind Epochen oder Zeiten gewesen, die gesehen haben. Es gab auch Zeiten, die gehört, gerochen und geschmeckt haben. Nun bleibt noch übrig, dass, mit der verbliebenen Zeit, auch der Zunge ihre Ehre gegeben werde, damit durch dieselbe das, was man vor Zeiten gesehen, gehört und gerochen hat, nun endlich einmal ausgesprochen werde. Dann nämlich wird, wenn die Welt von ihrem schweren Schlaf aufwachen und der neu aufgehenden Sonne mit geöffnetem Herzen, dem entblößtem Haupt und nackten Füßen fröhlich und freudig entgegen gehen.
Sicher lohnt sich bestimmt auch zu erwägen, dass die Confessio zu jenen Schriften gehört, die viel Aufregung in der gelehrten Welt Europas entfachte, was sicher nicht unbedeutend blieb für den nur vier Jahre später ausbrechenden Dreißigjährigen Krieg.
Manche wollten um jeden Preis mit dieser wundersamen Gruppe der Rosenkreuzer Kontakt aufnehmen, um sich ihnen bekennend anzuschließen. Wohl deshalb kam es auch dazu, dass man die Confessio in verschiedene Sprachen übersetzte und mehrfach nachdruckte.
Damit wurde der Aufruf der Fama an die europäische Geisteswelt, die Verfasser zu kontaktieren, mit der Confessio wiederholt. Besonders tritt der Angriff gegen den Papst hervor, gleichzeitig wurde aber ganz deutlich auf das Lesen der Bibel verwiesen. Denn durch die dabei gewonnenen Erkenntnisse, solle sich dem Rosenkreuzer der wesentliche Zugang zur Geisteswelt eröffnen.
So waren die Rosenkreuzer also ganz im Gegenteil zu den Anschuldingungen iher Feinde, ganz und gar Christen, ja sahen sich für die Vertreter einer neuen, zeitgnössischen Christenheit überhaupt.